Resolve error metaMDS: "veg_distance" is not available for .C () for package "vegan"
I keep getting the following error when trying to run metaMDS()
from a package vegan
:
my_mds <- vegan::metaMDS(df_species, distance="bray", k=2, trymax=1000, autotransform=TRUE)
Error in .C("veg_distance", x = as.double(x), nr = N, nc = ncol(x), d = double(N * :
"veg_distance" not available for .C() for package "vegan"
I've tried:
1. searching the web for this error which gives zero results
2. Reducing the size of my dataframe to 17 rows and 12 columns
3. clearing all packets from the global environment to eliminate potential packet conflicts
4. specifyingvegan::metaMDS
Nothing worked. Can you help resolve this error?
Data examples are given here:
structure(list(Species_1 = c(68.75, 51.4583333333333, 67.1666666666667,
36.3333333333333, 37.1666666666667, 45, 34.25, 20.9583333333333,
41.75, 85.7272727272727, 63.5, 27.1666666666667, 59.5, 76.75,
50.1666666666667, 35.25, 42), Species_2 = c(21.3333333333333,
26.2916666666667, 32.7083333333333, 36.6666666666667, 26.25,
24.75, 27.0833333333333, 27.5, 39.3333333333333, 35, 24.0833333333333,
18.0833333333333, 16.3333333333333, 31.75, 23.3333333333333,
21.5, 22.8333333333333), Species_3 = c(11.6666666666667, 7.66666666666667,
18.0416666666667, 36.85, 50.6666666666667, 45.9166666666667,
48.5833333333333, 16.0833333333333, 15.9166666666667, 17.2727272727273,
11.8333333333333, 3.83333333333333, 1.95833333333333, 1.04166666666667,
6.45833333333333, 7.70833333333333, 9.41666666666667), Species_4 = c(2.5,
3.25, 2.25, 3.375, 6.70833333333333, 11.3333333333333, 7.70833333333333,
4.04166666666667, 8.58333333333333, 4.72727272727273, 0.916666666666667,
1.45833333333333, 1.375, 2.54166666666667, 1.75, 4.79166666666667,
3.58333333333333), Species_5 = c(2.5, 7.41666666666667, 14.25,
4.45833333333333, 5.66666666666667, 9.04166666666667, 5.54166666666667,
5, 6.41666666666667, 3.59090909090909, 2.54166666666667, 2.66666666666667,
2.25, 2.25, 1.75, 2.83333333333333, 4.16666666666667), Species_6 = c(0.0833333333333333,
0.458333333333333, 0.0416666666666667, 0.5, 0.458333333333333,
0.416666666666667, 0.541666666666667, 11.9583333333333, 0.208333333333333,
0, 0.125, 2.29166666666667, 24.7916666666667, 0.5, 0.416666666666667,
0.708333333333333, 0.166666666666667), Species_7 = c(1.5, 2.45833333333333,
2.41666666666667, 2.125, 3.33333333333333, 2.45833333333333,
2.95833333333333, 4.16666666666667, 1.5, 1.63636363636364, 1.375,
2.04166666666667, 1, 1.04166666666667, 2.16666666666667, 2, 2
), Species_8 = c(1.20833333333333, 3.45833333333333, 1.75, 1.20833333333333,
0.958333333333333, 0.791666666666667, 0.5, 0.666666666666667,
1.83333333333333, 0.909090909090909, 0.583333333333333, 1.91666666666667,
0.75, 1.20833333333333, 0.791666666666667, 2.08333333333333,
0.583333333333333), Species_9 = c(0.125, 0.208333333333333, 1.58333333333333,
0.375, 0.0416666666666667, 0.916666666666667, 0.166666666666667,
0.166666666666667, 1.25, 0.363636363636364, 0.625, 0.25, 0.291666666666667,
0.375, 0.291666666666667, 0.25, 0.208333333333333), Species_10 = c(0.166666666666667,
0, 0.166666666666667, 0.0833333333333333, 0.25, 0.208333333333333,
0.0416666666666667, 0.625, 0.166666666666667, 0.0909090909090909,
0.166666666666667, 0.25, 0.166666666666667, 0.208333333333333,
0.125, 0.583333333333333, 0.0833333333333333), Species_11 = c(0.125,
0.0416666666666667, 0.0833333333333333, 0.458333333333333, 0.166666666666667,
0.0416666666666667, 0, 0.0416666666666667, 0.166666666666667,
0.0454545454545455, 0.0833333333333333, 0.0833333333333333, 0.166666666666667,
0.291666666666667, 0, 0.291666666666667, 0.333333333333333), Species_12 = c(0, 0, 0.416666666666667, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0.166666666666667, 0, 0, 0)), class = c("tbl_df",
"tbl", "data.frame"), row.names = c(NA, -17L), .Names = c("Species_1",
"Species_2", "Species_3", "Species_4", "Species_5", "Species_6",
"Species_7", "Species_8", "Species_9", "Species_10", "Species_11",
"Species_12"))
Session Information:
R version 3.4.0 (2017-04-21)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)
Matrix products: default
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] dplyr_0.5.0 MASS_7.3-47 vegan_2.4-3 lattice_0.20-35 permute_0.9-4
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_0.12.10 assertthat_0.2.0 grid_3.4.0 R6_2.2.0 nlme_3.1-131 DBI_0.6-1
[7] magrittr_1.5 lazyeval_0.2.0 Matrix_1.2-10 tools_3.4.0 parallel_3.4.0 compiler_3.4.0
[13] cluster_2.0.6 mgcv_1.8-17 tibble_1.3.0
+3
source to share