Resolve error metaMDS: "veg_distance" is not available for .C () for package "vegan"

I keep getting the following error when trying to run metaMDS()

from a package vegan

:

my_mds <- vegan::metaMDS(df_species, distance="bray", k=2, trymax=1000, autotransform=TRUE)


Error in .C("veg_distance", x = as.double(x), nr = N, nc = ncol(x), d = double(N *  :  
"veg_distance" not available for .C() for package "vegan"

      

I've tried:
 1. searching the web for this error which gives zero results
 2. Reducing the size of my dataframe to 17 rows and 12 columns
 3. clearing all packets from the global environment to eliminate potential packet conflicts
 4. specifyingvegan::metaMDS

Nothing worked. Can you help resolve this error?

Data examples are given here:

structure(list(Species_1 = c(68.75, 51.4583333333333, 67.1666666666667, 
36.3333333333333, 37.1666666666667, 45, 34.25, 20.9583333333333, 
41.75, 85.7272727272727, 63.5, 27.1666666666667, 59.5, 76.75, 
50.1666666666667, 35.25, 42), Species_2 = c(21.3333333333333, 
26.2916666666667, 32.7083333333333, 36.6666666666667, 26.25, 
24.75, 27.0833333333333, 27.5, 39.3333333333333, 35, 24.0833333333333, 
18.0833333333333, 16.3333333333333, 31.75, 23.3333333333333, 
21.5, 22.8333333333333), Species_3 = c(11.6666666666667,     7.66666666666667, 
18.0416666666667, 36.85, 50.6666666666667, 45.9166666666667, 
48.5833333333333, 16.0833333333333, 15.9166666666667, 17.2727272727273, 
11.8333333333333, 3.83333333333333, 1.95833333333333, 1.04166666666667, 
6.45833333333333, 7.70833333333333, 9.41666666666667), Species_4 = c(2.5, 
3.25, 2.25, 3.375, 6.70833333333333, 11.3333333333333, 7.70833333333333, 
4.04166666666667, 8.58333333333333, 4.72727272727273, 0.916666666666667, 
1.45833333333333, 1.375, 2.54166666666667, 1.75, 4.79166666666667, 
3.58333333333333), Species_5 = c(2.5, 7.41666666666667, 14.25, 
4.45833333333333, 5.66666666666667, 9.04166666666667, 5.54166666666667, 
5, 6.41666666666667, 3.59090909090909, 2.54166666666667,     2.66666666666667, 
2.25, 2.25, 1.75, 2.83333333333333, 4.16666666666667), Species_6 =     c(0.0833333333333333, 
0.458333333333333, 0.0416666666666667, 0.5, 0.458333333333333, 
0.416666666666667, 0.541666666666667, 11.9583333333333,     0.208333333333333, 
0, 0.125, 2.29166666666667, 24.7916666666667, 0.5, 0.416666666666667, 
0.708333333333333, 0.166666666666667), Species_7 = c(1.5,     2.45833333333333, 
2.41666666666667, 2.125, 3.33333333333333, 2.45833333333333, 
2.95833333333333, 4.16666666666667, 1.5, 1.63636363636364, 1.375, 
2.04166666666667, 1, 1.04166666666667, 2.16666666666667, 2, 2
), Species_8 = c(1.20833333333333, 3.45833333333333, 1.75,     1.20833333333333, 
0.958333333333333, 0.791666666666667, 0.5, 0.666666666666667, 
1.83333333333333, 0.909090909090909, 0.583333333333333, 1.91666666666667, 
0.75, 1.20833333333333, 0.791666666666667, 2.08333333333333, 
0.583333333333333), Species_9 = c(0.125, 0.208333333333333, 1.58333333333333, 
0.375, 0.0416666666666667, 0.916666666666667, 0.166666666666667, 
0.166666666666667, 1.25, 0.363636363636364, 0.625, 0.25,  0.291666666666667, 
0.375, 0.291666666666667, 0.25, 0.208333333333333), Species_10 =   c(0.166666666666667, 
0, 0.166666666666667, 0.0833333333333333, 0.25, 0.208333333333333, 
0.0416666666666667, 0.625, 0.166666666666667, 0.0909090909090909, 
0.166666666666667, 0.25, 0.166666666666667, 0.208333333333333, 
0.125, 0.583333333333333, 0.0833333333333333), Species_11 = c(0.125, 
0.0416666666666667, 0.0833333333333333, 0.458333333333333, 0.166666666666667, 
0.0416666666666667, 0, 0.0416666666666667, 0.166666666666667, 
0.0454545454545455, 0.0833333333333333, 0.0833333333333333, 0.166666666666667, 
0.291666666666667, 0, 0.291666666666667, 0.333333333333333), Species_12 = c(0, 0, 0.416666666666667, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0.166666666666667, 0, 0, 0)), class = c("tbl_df", 
"tbl", "data.frame"), row.names = c(NA, -17L), .Names = c("Species_1", 
"Species_2", "Species_3", "Species_4", "Species_5", "Species_6", 
"Species_7", "Species_8", "Species_9", "Species_10", "Species_11", 
"Species_12"))

      

Session Information:

R version 3.4.0 (2017-04-21)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

Matrix products: default

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] dplyr_0.5.0     MASS_7.3-47     vegan_2.4-3     lattice_0.20-35     permute_0.9-4  

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_0.12.10     assertthat_0.2.0 grid_3.4.0       R6_2.2.0             nlme_3.1-131     DBI_0.6-1       
 [7] magrittr_1.5     lazyeval_0.2.0   Matrix_1.2-10    tools_3.4.0         parallel_3.4.0   compiler_3.4.0  
[13] cluster_2.0.6    mgcv_1.8-17      tibble_1.3.0    

      

+3


source to share


1 answer


Reinstall vegan. R version 3.4.0 is binary incompatible with R 3.3.x, and all compiled packages must be reinstalled in R 3.4.0.



+4


source







All Articles